Um belo dia alguns sapos aparecem na tranquila fazenda de Tom e anunciam um grande dilúvio como o de Noé: quarenta dias e quarenta noites de chuva. Os vovós Ferdinand e Juliette decidem embarcar em uma grande fuga levando o netinho Tom e a amiguinha Lili para um enorme celeiro, que depois do temporal se transforma em uma Arca de Noé improvisada com os bichos do zoológico da vizinhança.